Спустя 200 лет со дня гибели лейтенанта Рипли военные учёные возвращают её к жизни путём клонирования. На космическом военно-исследовательском корабле «Аурига» под командованием генерала Мартина Переза и исследователей Джонатана Гадимена и Мэйсона Рэнда (который и задумал всё это дело) учёные извлекают из полученного клона эмбрион королевы Чужих. Клона Рипли решено оставить в живых. За короткий период времени Рипли (клон № 8) демонстрирует великолепную обучаемость и некоторые способности, возникшие из-за смешения генов при клонировании, в частности, кровь, обладающую свойствами кислоты, мгновенную реакцию и физическую силу.
Королева Чужих быстро развивается под контролем учёных и вскоре начинает откладывать яйца. К этому времени космические пираты, наёмники, под руководством Фрэнка Элджина, доставляют «груз» — захваченные анабиозные капсулы с пленниками-шахтёрами (при этом они сами не знают, что за вещи они доставляют). Учёные используют их как носителей для эмбрионов Чужих. Наёмники задерживаются на военном корабле на пару дней для отдыха.
В это время из заражённых людей появляются особи Чужих-трутней. Анали Колл из пиратской команды проникает в камеру Рипли, заявляя о своей цели — уничтожить Рипли и королеву, но обнаруживает, что королевы в ней уже нет. Военные обнаруживают её деятельность, объявляя Колл террористкой. Происходит вооружённое столкновение между пиратами и военными, пираты одерживают победу, захватывая солдата Ди Стефано и доктора Рэнда.
В то же время Чужие в одной из клеток находят способ выбраться на свободу. Чужой убивает другого Чужого. Кровь-кислота прожигает пол помещения. Через образовавшееся отверстие особи покидают клетку, схватив доктора Гадимена. Объявляется всеобщая эвакуация, в один из спасательных кораблей проникает Чужой, его взрывают вместе с кораблём, генерал Перез и два солдата становятся добычей других Чужих.
После бегства военных пираты пытаются добраться до своего корабля. Элджина убивает Чужой, но тут появляется Рипли и уничтожает монстра. Она сообщает пиратам, что «Аурига» при чрезвычайных обстоятельствах автоматически отправляется в порт, который находится на Земле. Пираты находят оставшегося в живых члена группы шахтёров, захваченной пиратами, внутри которого развивается Чужой, и решают взять его с собой, чтобы заморозить на корабле. Рипли случайно обнаруживает лабораторию, где находятся результаты семи предыдущих неудачных проектов клонировать её, и уничтожает их.
В поисках выхода пираты ныряют в затопленную кухню, на них нападают Чужие. Оставшиеся в живых оказываются в ловушке. Обманув Колл, доктор Рэнд стреляет в неё из пистолета и движется к пиратскому кораблю. Колл освобождает пиратов из ловушки, выясняется, что она — одна из андроидов последнего поколения. По просьбе Рипли, Колл напрямую подключается к главному компьютеру «Ауриги» и даёт компьютеру задание на самоуничтожение корабля.
Рипли чувствует приближение королевы, и её захватывают Чужие. У королевы настаёт живорождение. На свет появляется чудовище, отдалённо напоминающее человека. Оно принимает Рипли за мать и убивает королеву. Доктор Гадимен, который тоже оказывается здесь, становится жертвой разъярённого монстра. Рипли спасается бегством.
Рэнд проникает на корабль пиратов, захватывая Колл в заложники. Шахтёр, чувствуя пробуждение монстра, хватает Рэнда, Чужой пробивает грудь шахтёра и голову Рэнда. В последний момент Рипли успевает на борт, но человекоподобный монстр тоже проникает на корабль. Рипли, пользуясь доверием монстра, намеренно повреждает свою руку, брызгает кровью-кислотой на иллюминатор, монстра высасывает в космос через образовавшуюся дыру. «Аурига» взрывается на орбите Земли. Оставшиеся в живых прилетают на Землю.
