На шлюпку корабля «Сулако» попали яйца Чужих. Один из лицехватов попытался заразить Ньют, но получил порез от стекла. Его кровь прожгла проводку и шлюпка отстыковалась от корабля. Однако паразит всё же успел заразить одного из членов экипажа.
Шлюпка упала на планету «Фиорина 161» — планету-тюрьму строгого режима, где содержатся преступники мужского пола. Один из заключённых, медик, обнаружил шлюпку, а также выброшенную на берег лейтенанта Рипли. Он относит её в медблок. С помощью быков шлюпка была «отбуксирована» в цех. Внутри были найдены Ньют, которая захлебнулась после посадки, Хикс, которого проткнуло опорной балкой, и андроид Бишоп, которого в финале второй части фильма, разорвала пополам матка ксеноморфов (Чужих). Суперинтендант Эндрюс запросил эвакуацию лейтенанта, информирует об этом всех заключённых, а на Клеменса возлагает ответственность за Рипли. Клеменс вкалывает Рипли стабилизатор, выдаёт ей одежду и отводит в цех. Осмотрев шлюпку, Рипли замечает следы кислотной крови Чужих и просит сделать вскрытие тела Ньют, но внутри она ничего не обнаруживает.
Тем временем на мясокомбинат привезли одного из быков, который умер по неизветной причине. Рядом с быком заключённый обнаруживает лицехвата. В цехе собираются все заключённые, чтобы кремировать тела. Суперинтендант и «священник» тюрьмы, Дилан, произносят молитвы, и тела сжигают. Одновременно с этим из груди быка вырывается Чужой и убегает (в этом моменте присутствует отличие режиссёрской версии от прокатной: в последней Чужой появляется из собаки, ранее заражённой лицехватом).
Рипли обривает себе голову, после чего идёт в столовую. Там она благодарит Дилана за слова, но он рекомендует не судить его по его поступкам, так как он является насильником. От Клеменса Рипли узнаёт, что Дилан, другие верующие, два надсмоторщика и медик (Клеменс) остались на планете после закрытия завода.
В вентиляционной шахте заключённый, Мёрфи, проводил чистку. Он находит там «молочную кожу» Чужого. Попытаясь разглядеть Ксеноморфа, Мёрфи получает плевок кислотой, скатывается в вентилятор и гибнет. Рипли, спящая вместе с Клеменсом, просыпается. Клеменса вызывают в шахту, где тот замечает, что вентилятор дул в противоположную сторону и не мог затянуть Мёрфи. Элен тем временем находит «чёрный ящик» шлюпки. Её встречает Клеменс, оповестив о следах, подобных следам на шлюпке. Рипли просит у него оборудование для прослушивания, но на планете такого не имеется. Тогда Рипли решает найти останки андроида Бишопа и прослушать через него записи. Клеменс получает нагоняй от суперинтенданта. Он хочет узнать, чего важного представляет Рипли для Компании, но не получает должного ответа. Рипли находит Бишопа на свалке, но на неё нападают заключённые. Её спасает Дилан.
Троих заключённых отправляют в шахту, где на них нападает Чужой. В живых остаётся Голик. Тем временем Рипли включает Бишопа и просит его прочесть данные. Из них она узнаёт страшную весть: Чужой был не только на Сулако, но и проследовал за ними на планету. Рипли по просьбе самого Бишопа отключает андроида. Голика связывают и кладут на койку, пытаясь выяснить об остальных заключённых. Рипли подслушивает разговор. Она решает поговорить с суперинтендантом о чудовище, но тот не верит её рассказу и приказывает отвести её обратно в лазарет и посадить на жёсткий карантин. К тому же Рипли узнаёт, что в тюрьме совершенно нет никакого оружия. В лазарете Клеменс рассказывает причину своего заключения. В этот момент в медпункт пролезает Чужой и убивает Клеменса. После этого он подходит вплотную к Рипли, но по неизвестной пока причине не причиняет ей никакого вреда и уходит. Голик также остаётся в живых.
Рипли пытается предупредить остальных, находящихся на кухне. Однако Чужой добирается туда одновременно с ней, убивая суперинтенданта. Заключённые решают организоваться и уничтожить монстра. В тюрьме оказался бункер для хранилища ядерных отходов, не использовавшийся по назначению. С толстыми стенами и всего одним входом, он казался идеально ловушкой для Чужого. Идея была в том, чтобы разбрызгать горючее и взрывчатку по коридорам тюрьмы, с помощью огня выманить Ксеноморфа к бункеру и загнать его туда.
В процессе подготовки на одного из заключённых нападает Чужой, тот роняет запал, и происходит взрыв, из-за которого многие заключённые погибают.
В прокатной версии план загона Чужого в бункер проваливается.
В режиссёрской версии дело обстояло несколько по-другому. Взрыв приводит к тому, что ксеноморф оказывается рядом с бункером, и один из заключённых жертвует собой, загоняя тварь в ловушку. Дверь закрывается, и монстр пойман. Выбраться самостоятельно оттуда невозможно даже ему. Однако всё портит Голик. Будучи изгоем, он обозлён на всех товарищей, и воображает, что монстр является его союзником, кроме того, он восхищается им. Ему удаётся освободиться от пут, которыми его связали ещё после первого нападения Чужого, он убивает охранника бункера, открывает ворота и входит внутрь, в надежде поговорить с чудовищем. Разумеется, это оканчивается тем, что Чужой убивает Голика и покидает ловушку.
Далее повествование обеих версий идёт без противоречий в сюжете.
Рипли мучает недомогание, кроме того, она понимает, что Чужой неспроста не убил её в момент их встречи. Она возвращается к капсуле, осуществляет сканирование своего организма и понимает страшную истину: внутри неё развивается Чужой — более того, матка. Она пытается найти Чужого в подвалах тюрьмы и находит. Однако он вновь не причиняет ей вреда. Рипли просит Дилана убить её и её смертоносный плод. Тот отказывается: раз у Рипли есть своего рода «иммунитет» от нападения Чужого, его нужно использовать, чтобы убить зверя. Они договариваются, что сначала Рипли поможет убить Чужого, а потом он займётся ей.
Рипли удаётся выйти на связь с Компанией, те уже спешат на помощь и вот-вот появятся. Однако она понимает, что те придут только для того, чтобы завладеть живым Чужим, также им нужна будет матка, но убивать они его не станут. Стало быть, надо избавиться от монстра до их прилёта. Заключённые соглашаются помочь в этом, и только бывший помощник коменданта Эрон отказывается, наивно полагая, что космолёт Компании в действительности летит для уничтожения Чужого.
Поскольку тюрьма является бывшим литейным заводом, у них осталась в распоряжении старая печь. Было решено попытаться загнать Чужого в литьевую форму, после чего пустить свинец. В качестве приманки выступают сами заключённые, Дилан и Рипли находятся у входа в форму, чтобы в решающий момент перекрыть монстру все пути к отступлению.
После того, как Ксеноморф появляется, заключённые начинают попеременно появляться перед ним и убегать, пытаясь заманить его к цеху. В конечном итоге это всё-таки удаётся, однако в живых остаются всего трое: заключённый Морзе, Дилан и Рипли. Морс лезет наверх к панели управления, а Рипли с Диланом заманивают Чужого в форму. Дилан понимает, что кто-то из них должен остаться внутри, чтобы отвлечь тварь, и принимает решение пожертвовать собой. Рипли вылезает наверх, а Чужой набрасывается на Дилана. В этот момент Морзе нажимает на спуск, и несколько тонн расплавленного свинца выливаются на Чужого.
Но это ещё не победа. Спустя минуту, монстр вырывается из формы, но он раскалён до предела. Морзе кричит Рипли, чтоб она включила водяную форсунку. Форсунка разбрызгивает воду на Чужого, после чего он от перепада температур взрывается.
В этот момент в цехе появляются прилетевшие спасатели вместе с Эроном. Их лидером оказывается точная копия Бишопа. Рипли весьма удивлена этим. Бишоп представляется человеком, создателем робота. Он обещает Рипли, что они извлекут эмбрион матки из её тела и уничтожат, а её спасут. Рипли не верит. Морс отступает с ней. В этот момент кто-то стреляет в Морса, ранив его в ногу. Эрон, понимая, что Рипли была права насчёт намерений Компании, хватает монтировку и наносит лже-Бишопу удар по голове, но его тут же расстреливают. Бишоп, пытаясь остановить кровь, кричит, что он не робот. Рипли отходит к краю платформы. Представитель Компании, понимая, что она собралась предпринять, в отчаянии умоляет её остановиться, но всё тщетно: Эллен падает в расплавленный металл.
В прокатной версии фильма за мгновение до падения из её груди появляется матка, Рипли прижимает её к груди руками. В режиссёрской версии этот момент отсутствует.
Представители компании покидают опустевшую тюрьму, забирая с собой Морса — единственного выжившего из её населения.
